Сліди перших поселень на території Білобожниці належать до періоду трипільської культури; збереглися залишки могильників доби бронзи.
Білобожниця означає «парфянська (перська) божниця».
Перша письмова згадка датується поки 1453 роком: село згадане в «Актах ґродських і земських Галицьких» 29 січня 1453 року, його власник чи посідач Михайло «Мужило» Бучацький віддавав його в оренду.
Ще одна згадка походить з 1532 р.
Білобожниця згадана в описах подій часів повстання Богдана Хмельницького, під час знищення панських маєтків на західному Поділлі. Одним із перших власників цих поселень був маґістр Жемановський.
Протягом 1672—1683 рр. Білобожниця — містечко, яке перебувало під владою османської Туреччини. Турецький гарнізон, розташований у Чорткові, не раз грабував Білобожницю. Після 1772 р. Білобожниця належала до Заліщицького, згодом — до Чортківського округів.
Документи Галицького намісництва свідчать, що у XVI–XIX ст. Білобожниця мала статус містечка і свій герб. У Львові в Галицькому намісництві збереглися документи, що визнавали за Білобожницею статус містечка із затвердженим для нього гербом. Але Білобожниця залишалася селом, про це свідчили таблиці при в’їздах до населеного пункту.
У 1890-х рр. війт Білобожниці Франц Борисикевич за допомогою фахового архіваріуса віднайшов у Галицькому намісництві документи, що справді визнавали за Білобожницею статус містечка зі встановленням для нього герба. Селу було повернуто титул містечка та герб. При в’їзді та виїзді із села встановлені таблиці з гербом і двомовним написом «Містечко Білобожниця».
У старих церковних книгах залишилися записи, що свідчать про наявність у Білобожниці у XVIII ст. трьох церков: святого Миколая, Преображення і святого Михаїла.
Наприкінці XVIII ст. відбулися заворушення між місцевими жителями та євреями з Буданова й Чорткова. За деякими даними, євреї й спалили містечко.
У шематизмі 1892 р. зафіксовано, що в 1810 р. це місце заселили люди з інших сіл.
16 травня 1848 р. в селі, як і повсюди в Галичині, ліквідовано панщину, про що свідчить встановлений кам’яний хрест (оновлений 1989 р.).
1914 р. мешканці села, які проживали вздовж дороги на Бучач, назвали вулицю іменем Т. Шевченка, вздовж дороги на Теребовлю — іменем М. Шашкевича.
За статистикою, у селі у 1900 р. — 1386 жителів, 1910—1463, 1921—1296, 1931—1511 жителів; у 1921 р. — 279, 1931—305 дворів.
Перші згадки про школу датовані серединою XIX ст. і пов’язані з першим учителем Кострубою, батьком двох відомих діячів — Петра й Теофіла. За Австро-Угорщини діяла 2-класна школа з українською мовою навчання, за Польщі — 3-класна утраквістична (двомовна). Учителем школи напередодні Першої світової війни був Іван Дембіцький; за Польщі — Шегедин. 1934 р. в селі відкрито 4-річну школу (директор Стефанія Вількушевська), згодом переоблаштовану на 7-річну.
До Леґіону УСС зголосилися Григорій Полутренко, Гнат і Осип Юрчишини та інші мешканці села.
Під час так званої пацифікації польські жандарми, шукаючи зброю, порозшивали в Білобожниці дахи будинків; польські шовіністи тричі скидали хрест на могилі Українського Січового Стрільця С. Кутного.
Після встановлення радянської влади, у 1940 р. в Чортківській тюрмі органи НКВС замучили та розстріляли мешканців Білобожниці: Антона Заячківського, Михайла Підвисоцького, Петра Полутренка, Ольгу і Теодозія Руданських, Івана Юрчинського; виселили дружину А. Заячківського і 4 родини в Сибір.
20–21 липня 1941 р. в місті Умані на Черкащині розстріляли Олексія Пилявського, Миколу Савчина та Івана Старика. Від 7 липня 1941 р. до 23 березня 1944 р. село перебувало під нацистською окупацією.
5 квітня 1944 р. німецько-нацистські війська захопили села Білобожниця та Мазурівка, що дозволило їм контролювати автодорогу Чортків — Бучач.
У 1944 р. в Білобожницю з території Польщі переселені українські родини Демковичів, Коренецьких, Назарів, Сиваків, Скибіцьких, Шевчуків; згодом у село переїхали сім’ї Королів, Малиновських і Матвіївих.
За зв”язок з підпіллям засуджені Юлія Старик, Софія Стріха, Софія Козарів, Софія Пилявська, Іванна Полутренко.
Упродовж 1940—1959 рр. Білобожниця — районний центр.
У 1960-х рр. на братській могилі спорудили «Обеліск пам’яті» жителям Білобожниці, які не повернулися з німецько-радянської війни.
З 4 вересня 2015 року Білобожниця є центром Білобожницької сільської громади.
У 2021 році режисерка Марія Яремчук знімала документальний фільм «Марія» з циклу «Жива УПА», вихід на екрани якого очікується у листопаді 2021 року.
